分子生物论文范文

分子生物论文范文第1篇

关键词：生物；网络资源；学习

中图分类号：G40-056 文献标志码：A 文章编号：1674-9324（2014）29-0244-02

生命科学是21世纪发展最为迅速的学科之一[1]，该专业具有实验性、实践性以及前沿性等特征。对于生物专业的大学生来说，除了课堂学习之外，进入试验室进行一定的科学研究工作，对于培养自己的独立创新能力以及适应未来工作的能力有很大的益处。大学生在着手试验室工作之前，必须阅读大量的文献资料，迅速地了解本领域国内外的最新研究进展，一方面可以借鉴前人的研究成果，并以此为基础开展自己的工作，另一方面可以避免不必要的重复，节约人力、物力和财力。试验室工作完成后，会有大量试验数据，处理这些数据不可避免会用到一些生物软件。查阅文献资料和下载使用相关软件，网络是一个很好的平台。那么，如何有效的利用网络资源，是大学生必须面对的问题。本文将从以下几方面来探讨生物科学专业大学生如何充分利用网络资源来提高自己的学习和科研水平：

一、充分利用学校的电子图书馆

目前，计算机网络飞速发展，几乎所有的大学都建立了自己的电子图书馆，购买了科技论文数据库，提供大量的电子资源。除此以外，我们还可以通过馆际互借等方法来获取自己所需的文献资料。这些方法使大学生在查阅资料的效率大大提高，并且，在使用时不需要额外付费。因此，大学生可以充分利用学校的这一资源，方便快捷的查询、下载自己所需的文献资料。生物专业常用的中文数据库有：中国学术期刊网、中国学位全文数据库、中国学术会议全文数据库、万方数据、重庆维普《中文科技期刊》。英文电子期刊数据库有：SCI数据库、EI数据库、Elsevier Science Direct全文期刊数据库、Springer全文电子期刊数据库、NSTL网络版科技期刊数据库。

二、通过网络搜索引擎查找相关信息

网络的普及可以使我们便捷得获取丰富的资源，但是，网络的高度开放性让我们每个人都有可能在网上信息。因此，获取准确可信的信息变得非常重要。如何在浩如烟海的信息中，快速有效地找到我们需要的信息？这就需要掌握一些搜索引擎。Google（http：//）是一个搜索功能非常强大的搜索引擎，很值得一提的还有Google学术搜索（http：//）和百度（http：//）。其中，中文信息检索大多使用百度。如果搜索英文信息，Google是个很好的选择。

三、登陆生物网站并下载相关生物软件

网络上很多共享的资源，或者这些资源可以免费获取。不能小看这些共享的资源，它们可能会在试验前期或者分析数据时起到举足轻重的作用。大学生可以利用网络上的搜索引擎找到相关的生物网站。进入到几乎任何一个生物网站后，如果有足够的耐心，我们可以找到绝大多数免费公用的生物软件，并且可能附带使用说明、工作原理等信息[2]。有的网站会提供免费的在线服务，我们在浏览网站的时候，一方面了解它的相关功能，另一方面也要学习使用流程。一旦自己试验需要，那么使用起来就会轻车熟路，节约不少时间。生物科学专业常用的生物网站有：①Online analysis tools（http：//molbiol-tools.ca/）：这是Guelph大学的细胞生物学及分子生物学教授Andrew Kropinski整理的在线生物学分析工具网站，主要包括DNA序列、RNA序列、基因组、蛋白的在线分析等。②Basic Local Alignment Search Tool（BLAST）（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2231712）：这是生物专业功能最为完整的网上服务器。其中核苷酸分析包括酶切位点的查找，motif、开读框的搜索等，PCR引物设计，二级结构预测，多重序列比较以及分子进化树的构建等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白质二级结构的预测等；此外还提供序列管理等功能。③GenBank（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）：GenBank是美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库，包含70，000多种生物的核苷酸序列。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。④The European Molecular Biology Laboratory（EMBL）（http：///）：欧洲分子生物学实验室（EMBL）成立于1974年，由16个国家支持。在该网站可以进行序列查找和检索以及序列的配对、通过登陆号检索EMBL核酸数据库、通过FTP传输EMBL数据库文件；还可以分析蛋白质三维结构等，此外该网站还提供一些软件。⑤DNA Data Bank of Japan（DDBJ）（http：//www.ddbj.nig.ac.jp/）：DDBJ数据库创建于1984年。DDBJ数据库主页包括数据库检索、数据提交、数据分析等功能。GenBank、EMBL和DDBJ这三大数据库虽然具有各自不同的数据记录格式，但是由于国际互联网的发展，用户可以任意地向其中任何一个数据库提交序列，所提交的序列也将从公布之日起同时在该三大数据库中出现[3]。一般情况下，大学生需要了解和使用的生物软件有：Bioedit：具有序列简单分析和序列对比功能的软件；Clustal W：用来对核苷酸与蛋白质序列进行多序列比较的软件；Clustal X：ClustalW Windows界面程序；）Cn3D：观看蛋白质三维结构的软件；DNAStar5.03：序列分析软件；DNAMAN：限制酶分析，引物设计，序列比对的软件；FASTA：数据库中查找同源序列软件；GeneDoc：对序列进行相关分析等操作的软件；Primer Premier 5.0：核酸序列引物分析设计软件；Peptool：蛋白分析软件；Phylip：进化树分析软件；Puzzle：核苷酸序列、蛋白质序列相似性分析及进化树构建工具；Paup：系统进化分析软件；TreeView：进化树处理软件；SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件；SPSS：统计软件。

四、关注一些生物论坛

论坛是网络环境下一种学习与交流的平台，它可以突破常规交流在时间和地域上的局限性，和相关领域的科研人员进行沟通。比如：试验过程中遇到了技术上的问题，自己一时又难以解决，可以在论坛上和大家一起讨论。往往这些问题已有人碰到过，并且已经找到了解决的办法，讨论的时候就可以得到他们的指点，不少难题迎刃而解。常见的生物论坛有：小木虫（http：///）、丁香园（http：///）、生物谷（http：///）、中国生命科学论坛（http：///bbs/forum.php）、生物信息学论坛（http：///）等。

五、通过电子邮件和作者沟通

大学生在阅读文献资料时，难免会遇到反复思考仍不得其解的问题，有的学生可能会因为求助无门而不了了之。其实，我们有一个非常好的求助对象，那就是作者。一般在期刊论文首页的下方会留有作者的电子邮件信箱。我们在仔细阅读论文之后，如果发现有疑惑的地方，可以通过电子邮件和作者进行请教和讨论，一般作者都会很好的给予答复。

综上所述，大学生平时在完成学校设定的课程之余，可以以网络为媒介，结合自身兴趣，主动探索，充分挖掘网络资源的优势，从专业学习中选择和确定相关课题，在指导教师的帮助下，以个人或小组的方式进行科学研究，培养自己的创新精神和实践能力。

参考文献：

[1]吉爱国，王伟莉，梁浩.在生物科学专业人才培养过程中强化海洋生物特色的探讨[J].高等理科教育，2007，（5）：65-67.

[2]许忠能.生物信息学[M].第一版.北京：清华大学出版社，2008.

[3]邢美园，苏开颜.生物信息学数据库――日本DDBJ数据库及其检索应用[J].情报杂志，2003，（5）：59-61.

分子生物论文范文第2篇

关键词：重点学科；影响因子；期刊

中图分类号：G255.2文献标志码：A文章编号：1673-291X（2010）36-0216-04

一、影响因子的概念及意义

期刊影响因子（Impact Factor，IF）是1972年由美国SCI创始人加菲尔德（Garfield E）率先提出的，现已成为国际上通行的一个期刊评价指标。

影响因子是利用引文分析法评价科技期刊最基本最常用的方法，它是以期刊为对象，统计一定时域内（通常为两年）期刊论文的平均被引率，其公式为：影响因子= 指该刊前两年在统计当年被引用的总次数／该刊前两年总数。是指该刊前两年在统计当年被引用的总次数占该刊前两年总数的比例，是用来描述期刊被引用情况的计量指标，或者是用来描述期刊影响力的指标，是用论文的平均被引率反映期刊近期在科学发展和文献交流中所起作用的指标，可测度当年期刊的学术影响力，是衡量一个学术刊物地位的主要因素，对核心期刊的遴选起着重要作用，已成为科技期刊评价最重要的指标。影响因子越大，表明该刊所载论文被引用次数越多，从而说明该刊所载论文的影响力较大和水平较高，因而该刊的质量也高。

国际著名的科学计量学专家普赖斯经过大量的文献统计后得出结论认为，科学后的两年是论文被引用的高峰期。因此，目前国际上比较通行的做法是将计算影响因子的引文年度规定为两年，依据影响因子的计算公式，其主要受三大基本要素的影响：时间、载文量、被引频次。美国科技信息研究所（Institute of Scientific Information，ISI）对使用影响因子非常谨慎地说明，尽管影响因子是评估期刊的非常实用的工具，但在使用时（主要针对学术评价）应该慎重，必须考虑到期刊类型的不同、学科之间的差别、文献款目类型差别、自我引用的频率、期刊是否被收录、期刊名称是否有过变更等诸多因素的影响。因此，期刊的IF值受多种因素影响，在用它评价期刊质量和论文水平时，必须分析其影响因素，充分考虑它的局限性。

二、重点学科期刊影响因子的影响因素分析

（一）馆藏重点学科期刊影响因子情况

什么是重点学科?教育部将其定义为“应承担教学、科研双重任务，要逐步做到能够自主地、持续地培养和国际水平大体相当的博士、硕士、学士；能够接受国内外学术骨干人员进行深造；能够为国家重大决策提供科学依据，为开拓新的学科领域、促进学科发展作出较大的贡献”。

我校经教育部（教研函[2007] 4号）审核批准的国家8个重点学科是：作物学一级学科（含作物遗传育种和作物栽培与耕作学两个二级学科）和微生物学、生物化学与分子生物学、果树学、动物遗传育种与繁殖、水产养殖、农业经济管理等六个二级学科。国家重点学科是国家根据发展战略与重大需求，择优确定并重点建设的培养创新人才、开展科学研究的重要基地，在高等教育学科体系中居于骨干和引领地位。一级学科国家重点学科的认定在中国尚属首次。一级学科国家重点学科的建设，将突出综合优势和整体水平，促进学科交叉、融合和新兴学科的生长。

（二） 影响“影响因子”的主要因素

1.有学科差异的影响。期刊影响因子的大小与期刊所属的学科领域有显著的相关性。不同的学科有不同的发展历程、不同的成熟程度和不同的研究方法。一个正在发展的学科和一个古老成熟的学科。一个理论研究型学科和一个应用研究型学科在引用动机和引用规范上有很大差异，一个大学科（有众多研究者或热门研究领域）和一个小学科在引用程度上也有较大差异，相同或相近研究领域的论文倾向于互相引证，影响因子值的差异当然也很大；各学科在研究规模、研究水平、研究方式、合作程度、引文行为都有自己的特点，这些特点决定了各学科在引文频次水平上的差异；同时，不同学科由于发展速度和成熟程度不同，期刊数量差异很大，从而使收录的不同学科的期刊数目差别很大。

由于学科（领域）自身的特点以及发展规律和发展阶段等差别，不同研究领域的文章被引频次是不同的，从而导致不同领域期刊的影响因子缺乏可比性。从表1、表2可以看出，农业经济管理类期刊的影响因子高于其他学科刊物，农业经济管理学科在中刊查阅利用率、中外文期刊复印利用率和平均影响因子方面基本上都是最高的，作物学学科排第二，其中果树类期刊最低。同样是学科影响因子排名前十 位的，值却有明显区别，某一学科最好期刊的IF值可能比另一学科最差期刊的IF值还低。这主要与学科的发展动态、历史以及引证习惯等因素有关。所以，影响因子的大小与期刊所属学科的性质和论文内容所涉及的研究领域的大小有关，同时也与期刊的历史长短、知名度大小有关，还和其内容是否为当前的研究热点有关。

2.有发表时滞的影响。期刊被引频次中两年的时间限制可导致不同刊物论文的被引次数有较大差异。对于出版时滞较短的刊物更容易获得较高的影响因子，因为最先发表或公布的成果最容易或有可能引起较大的影响而被引证，相当一部分引文就因为文献老化（超过两年）的原因而不能被统计参与影响因子的计算；再者，不同学科论文的引证行为有所不同。这是因为不同研究领域或研究主题的成果在完善或验证过程中经历的时间段可能很不相同，如对于分子生物学方面具有创新研究的论文来说，则可能很快引起较大的影响并被引证，因此有研究证明，中国不同学科、不同类型的学术期刊的被引高峰期存在明显差异。

出版时滞较短的刊物容易获得较高的被引频次，所以缩短刊期，可以提高被引频次，进而提高影响因子，刊期的缩短更加吸引读者的注意力，从而有利于期刊论文更快更多的被引用。科学技术新理论、新方法、新成果、新知识不断涌现，这种现状必然要求期刊缩短刊期。缩短刊期，减少出版时滞，可使刊载的信息尽快地传递给读者，从而为文章的及时被引创造条件。以《安徽农业科学》、《中国农学通报》、《江西农业学报》为例，这三种期刊在不断缩短出版周期后，被引频次和影响因子也稳步提高。

然而，如果评价一项科研成就或一位科学家的贡献，就更不能只看那个期刊两年里的影响有多大了。最优秀的科学成就都不是以一时影响面广，而是以影响的深远取胜。比如，1905年，爱因斯坦提出的相对论，一百多年后还在广为传播；20世纪40年代，物理学家黄昆提出的缺陷导致x光散射的理论，六十多年后也仍然被同行所引用。这些具有开拓性的成就有一个共同特点，影响的持续年限很长很长。

3.有期刊类型的影响。期刊的办刊方针不同，期刊类型有所不同。自然科学类期刊大致可分为学术类期刊、技术类期刊、研究进展类期刊和科普类期刊四类。学术类期刊主要刊发综述论文和研究论文，技术类期刊主要刊发技术应用论文。即使在同一学科领域，论文类型也会不同，有的为基础研究论文，有的是应用研究论文，因而形成了多样的期刊类型。文章简短且出版周期短的期刊通常有一个较高的快引指数，对于评述、综述类期刊，快引指数相对来说是非常低的，要在出版后许多年才会达到被引用高峰。综述类期刊的绝对被引数非常高，其平均影响因子往往超过其他类型的期刊。自然科学学术期刊评价指标体系研究课题组经大量统计分析发现：中国不同学科、不同类型的学术期刊其被引高峰期有明显差异，一般理论性较强的基础研究三年后才出现引文高峰期，如数学期刊被引高峰期大于两年的占62％，被引半衰期较长；而应用研究论文因知识更新快，一般引文高峰期为两年，被引半衰期短。这样两年影响因子，应用研究类期刊明显占优势，像生命科学期刊的平均IF值在2．5左右，而数学期刊的IF值却在1．0左右。《中国农村经济》IF值2．743与《中国南方果树》IF值0.159相差甚远。因此，每一类期刊由于各自发表的论文类别不同，引用率和引用习惯各不相同，导致每类期刊间的影响因子差别较大。在比较影响因子时，必须考虑到期刊及其所刊载文章类型的不同。

另外，专业期刊、交叉学科期刊和综合性期刊IF值的差异，限于某专业为主引用的期刊，根本不可能被数十种或数百种期刊所引用，交叉性、综合性期刊的性质决定了它们会被广泛引用。

4.有统计差异的影响。不同的源期刊库对载文量的统计不同，有的将全部文章视为载文量，有的仅将综述、研究论文算作载文量。一方面在IF的计算中，被引用总次数(分子)统计了相应期刊中所有论文被引用的总次数，而总数(分母)则只统计论文、综述类栏目的文章数，对评论、来信、简讯和其他一些常被引证的栏目的文章则不进行统计，实际上，这些未被统计部分的被引用频次对IF值的贡献很大，影响了IF值的准确性。其次，对于一些科普类、工程技术类等期刊，根据不同期刊的不同办刊宗旨和服务对象，这些期刊的被引用次数可能不高，但是他们的实用技术被广泛采用，在生产中产生很好的经济效益。可见，期刊的被引率并不完全等于利用率。再者，在自然科学类期刊中，学术类综述性文章多由相关专业资深专家写作，具有权威性，且多数十次上百次地引用文献，包括自引，这就自然增加了引用的次数；另一方面，作者从事课题研究时，往往是从阅读综述性文章开始的，学术论文引言部分也常引用综述性文章，这无疑大大增加了这类文章的被引频次。加菲尔德给出1945―1988年43年间的100篇高引论文，第l篇被引187 654次，第100篇被引3 204次，这些被称之为热门论文的高引率提高了来源期刊的影响因子值。同一刊物中不同论文被引频次的差异源来一是论文类型的差异，二是论文性质的差异，三是论文所涉及研究领域的差异，这种差异一方面表现为快速发展的或较新研究领域的论文比相对较成熟研究领域的论文的被引频次高，另一方面表现为不同研究领域间的相互引证并不等价。

5.有源数据库的影响。由于大多数数据库对所收集的期刊进行数据采集和评价，因此其来源期刊的数量也是有限的。在有限的来源期刊中，很有可能由于学科发展的不平衡带来来源期刊学科、语种分布的不平衡，这就造成了该数据库在影响因子统计上的失均衡和全面。如SCIE目前只收录了约7 000种期刊，而全世界总期刊数达210 000种，其中只有3．8％的期刊被其收录。IF反映的是一种期刊在源期刊库范围内的影响，不同的期刊库有不同的源期刊。所以，源期刊库是对IF值起决定性的一个因素。现在的大型引文数据库收录期刊的学科、出版地、语种等是非均衡的，很难全面公正地反映不同国家、不同学科、不同语种和不同规模期刊的情况。例如SCI收录各国的期刊数极不平衡，一般情况下，作者总是喜欢引用自己最容易得到的最熟悉的语种的文献。由于SCI收录中国期刊量小，所以国外作者对中国期刊的引用就少，而同国科学家之间因研究成果传播的快捷性、研究主题的相关性等因素而倾向于互引，如美国科学家之间的相互引证可提高美国论文被引证频次的30％。另外，研究表明，同语种刊物的相互引证概率较大，由于SCI更倾向于收录英文期刊，这就使得其他语种期刊在SC1中的影响因子相对较低。

对某一特定期刊而言，由于其所在的期刊库收录的期刊构成不同，因而统计的IF值有较大的差异，由于源期刊库的数量及侧重点不同，同一期刊的被引频次在不同的引证报告中会有所不同，进而导致计算出的影响因子也有差异。依据《2008 年版中国科技期刊引证报告（核心版）》、《2008年版中国期刊引证报告（扩刊版）》、和2008年版《中国学术期刊综合引证报告》统计数据，《中国农业科学》总被引频次依次为4 746 、5 941、6 014，影响因子依次为1．519、1.871、1.889，差异较大。这是由于这三个库收录的来源期刊不同所造成的。笔者认为，在讨论刊物的影响因子时要考虑统计来源库是否具有真实的代表性。

6.有引用行为的影响。在影响因子对中国期刊的评价发挥越来越大作用的同时，也出现了自引对相应刊物影响因子的贡献过度的问题。自引主要有作者自引和期刊自引。有的期刊工作者为了使自己的期刊尽快提高引用频次和影响因子，通过各种途径要求或示意作者增加对该刊的引证量。在世界其他国家也有些期刊以各种不同的方式要求作者尽量引用本刊文章的情况，其目的显然是为提高自己期刊的被引率，一旦此刊排在前列，往往可以收到广告性效果。自引可以增加被引频次，进而提高影响因子。正常的自引体现了研究的继承性，但是过度的、不切实际的自引，即便不是“ 人为” 结果，也至少反映了期刊的封闭性和排他性。一般自然状态下学术类刊物自引率不会高于20％，过度自引是不良行为，但又不肯放弃这一“广告”手段。同时，一些组织或部门对期刊绩效的评价时过分地强调影响因子指标的评价作用，对过度自引起了推波助澜的作用。

由于引用行为及引用动机复杂多样，存在伪引（未用而引）、漏引（用而不引）、错引（尤其是期刊名缩写错误）、集中标引、过度自引、负面引用、中性引用等一些不规范的引用行为，在某种程度上造成不正确的引文统计结果，从而使学术期刊的影响因子失真。

参考文献：

[1]李炜.浅谈期刊影响因子[J].科技情报开发与经济，2008，(30).

[2]刘笑达，牛艳萍.影响因子对科技期刊评价的客观性分析[J].太原科技，2009，(8).

[3]沈思，张红英.影响因子在科技期刊学术评价中的作用[J].情报探索，2009，(8).