华大基因选用AMD六核皓龙处理器支持世界领先的基因研究

华大基因成立于1999年9月9日。该公司的基因测序能力及基因组分析能力处于世界领先地位。在多年的发展中,华大基因建设了一支具有世界一流水平的、年轻的产学研队伍,开展了广泛的国际国内科技合作与交流,开创了科学、技术、产业相互推动的发展模式,在基因组科学和产业发展领域再现了“深圳速度”和“深圳奇迹”。

高性能计算集群(HPCC)是基因研究工作的重要工具,基因的测序、数据处理、比对分析和结果提取等,都要在HPCC上进行。为了确保基因研究工作能够高效地进行,华大基因对HPCC系统的建设,以及其中核心部件处理器的筛选,都非常重视。

就在最近,随着研究项目的增多,华大基因之前建设的HPCC平台开始逐渐显得有些力不从“芯”。为此,华大基因又把目光投向了新一代的多核处理器,计划筛选强悍实用的多核处理器来升级HPCC系统。

华大基因对市场上的新一代多核处理器进行了全面的对比分析,并结合实际工作进行了深入的测试。最终,华大基因决定全面引入基于AMD六核的“伊斯坦布尔”处理器的戴尔刀片服务器,升级其HPCC系统。

华大基因采用68片戴尔M605刀片服务器和5个M1000e刀片服务器机箱实施升级。刀片服务器配置为:AMD六核皓龙2435处理器(代号为“伊斯坦布尔”,2.6GHz)、16GB内存(8×2GB)、一块146GB的SATA硬盘。

刀片服务器全部装在M1000e机箱内,机箱均通过万兆线缆与万兆交换机相连,从而构成一个刀片式的万兆高性能并行计算网络系统。该HPCC系统的管理节点是一台机架式服务器,后端存储则采用Panasas的设备。

华大基因高性能计算主任方林表示:“我们以为AMD‘伊斯坦布尔’处理器是性价比超高的多核处理器。该处理器在性能上比前代产品至少提升20%,同时还有价格优势。我们在大量引入AMD新一代六核处理器后,设备的计算能力大概提升了两倍,这有力地推动了研究项目的开展。包括熊猫基因序列研究、中丹合作的糖尿病基因研究、中美英合作的千人基因组研究,以及人体肠道元基因组研究等在内的多个重大项目的进程,都有了不同幅度的提速,很多项目都将因此早出成果、多出成果。”

如今,华大基因的HPCC平台每天要产出大概10TB左右的数据。这个数据量是非常惊人的,因为很多大型企业一年的业务数据量都达不到10TB。在如此繁重的计算任务面前,基于AMD“伊斯坦布尔”处理器的戴尔M605刀片服务器以稳定、高效和可靠的性能,帮助客户实现无故障运行的目标。