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2014年1月15日，北京市海淀区法院发公告称，方舟子的委托律师已向该院递交方舟子崔永元名誉权纠纷案的民事状及相关材料。
一个是打假斗士，一个是著名主持，一个代表着公众对转基因的普遍焦虑，一个代表着部分人士推进转基因的决心。一场始于微博的论战，最终竟然走向法院，事情的发展出乎人们的预料，由此引发的全民关注也可想而知。1月16日，记者在百度中输入“方舟子崔永元”，搜索出的网页高达59万个，连英国BBC中文网都对这一事件进行了报道。而由腾讯网发起的“转基因食品调查”，人气值更是高达51.9万。
从乐观的角度看，“方崔之争”已成为一场向广大网民普及转基因知识的公开课。
缘起：20余名网友品尝转基因玉米
2013年9月7日上午，20多名主动报名的网友参加中国农业大学玉米试验基地的活动，现场采摘转基因玉米并煮熟品尝。作为活动的发起人之一，方舟子表示：“品尝转基因玉米虽无科学研究价值，但有科普价值，应当创造条件让国人可以天天吃转基因食品。”
此言一出，引发网上热议。崔永元也转发了微博“转基因食品，你吃吗？你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂科学，我有理由有权利质疑你懂的科学到底科学不科学。你可以说我，我也可以说你白吃。”
对此，方舟子在微博中回应称：“你当然可以选择不吃，但是不要传谣阻碍中国农业技术发展。我科普的是各国际权威科学机构认可的科学，你根本不懂，有何资格质疑？”
由此，一场论战在两人之间开启并持续发酵，直到4个多月后的现在，结果仍未见分晓。
方舟子：无需恐慌，学会接受转基因
作为“挺转”的中坚力量，方舟子在接受英国BBC网站记者采访时说，自己在转基因技术方面写过两本书，发表过100多篇文章。他认为，中国转基因问题的辩论已经超出了技术和专业知识的层面，涉及很多方方面面的问题。
方舟子分析说，在中国，主要有这么几类人反对转基因：一类是环保人士和绿色和平组织，这些人一直都在反对转基因；还有一些不了解情况的人因为不懂转基因，再加上所谓“阴谋论”的影响，因而也反对转基因……
方舟子认为，中国科学界的大部分人都是支持转基因的，只有个别科学家质疑转基因食品的安全性，因而反对转基因，但是他们数量不多且也不能代表其研究机构。
针对网上热议的“西方国家都反对转基因，只有中国推广转基因主粮，中国只是美国的试验田”，方舟子回应称，这种说法完全是一种无知。现在世界上种植转基因主粮面积最大的国家是美国，而欧盟国家总体上也是支持转基因作物的，只有法国反对，亚洲国家的韩国、日本，也是反对转基因的。
在方舟子看来，这些国家之所以反对转基因，主要是因为一些国家基于政治、经济、文化和的考虑，认为转基因作物破坏了作物自然属性，他们反对非自然产品，因而反对转基因；另一些国家则担心美国产品占领其国内市场，于是以反对转基因为借口，设置贸易壁垒，与美国打贸易战。
实际上，反对转基因的不仅有国家，还有为数众多的各国民众。2011年8月9日“滚出印度日”这一天，印度民间社会组织与相关人士举行了1000多项活动，数千人参加活动并高呼“孟山都滚出印度”、“禁止转基因作物试验”。2012年3月，美国反基因人士在加州、华盛顿州等30多个城市掀起反基因、反孟山都行动，并得到多国反基因人士响应。
在中国，由腾讯网发起的“转基因食品调查”中，近23.2万人认为转基因食品不安全，24.4万余人不支持转基因粮食在中国商业化种植，分别占受调查总人数的89.3%和94.1%。
对于这一现象的产生，方舟子认为，主要是由于人们不了解转基因技术和相关科学方法。例如，有人要求证明转基因食品绝对没有隐患才能上市，但这是不可能的。对于任何食品，没有人能证明它是绝对没有隐患的。而和其他技术一样，转基因技术用不好也可能会出问题或意外，但大家不应因为这种顾虑就反对它。总之，目前已经上市的转基因食品都经过理论论证和实验验证，都是安全的，没有经得起推敲的理由和证据，就不能怀疑它们的安全性。即使从长远来看，也是如此。
在方舟子看来，在今天，人们想要完全避开转基因食品几乎是不可能的。国内市场上绝大部分大豆油和调和油、几乎所有的木瓜以及相当一部分西红柿，都是转基因的。即使你刻意不在市场上购买转基因产品，上餐馆用餐时也难以避免。转基因食品早巳进入人们的生活，而且只会越来越多，因此无需恐慌，而应学会接受它。
崔永元：推广宜谨慎，应设商场专柜
自2013年12月崔永元自费50万前往日本、美国等地调查转基因产品后，他开始被网友视为新的“反转”代表。
崔永元认为，转基因问题横跨多个领域，涉及农业、医学、环境、定价等相关部门，因此转基因作物的产业化不应由农业部一家说了算。比如，日本通常是由农林水产省和环境省进行转基因作物生物多样性影响的审查，由农林水产省进行饲料安全审查，由厚生劳动省进行食品安全的审查，多个部门共同监管相互制衡。
对于被方舟子质疑为“外行”，崔永元认为，转基因新技术涉及方方面面，每个人都有发言权。日本政府在认可转基因农作物前，都要听取国民的意见，鼓励民众参与投票，并在做鉴定的同时公开向全社会征集消费者的意见和建议。
为什么中国政府发了转基因水稻安全证书，但大家仍不相信其安全？崔永元指出，转基因宣传特别需要公信力，美国FDA（食品和药物管理局）、日本厚生省都有一个共同特点，就是有公信力，要推行新的产品时大部分民众都选择相信。
崔永元表示，中国应加大对转基因技术的研究力度，这涉及到粮食安全、知识产权等，因此要坚决支持中国发展自己的转基因技术，研究上“一天都不要停”。但转基因作物商业化种植一定要谨慎，尤其是转基因主粮产业化一定要慎之又慎。
关于中国的转基因，崔永元认为应该分三步走，第一步是扎实的实验室研究，全搞清楚；第二步是试验田做试验；第三步才是商业化种植。这三步可能要花几十年时间。
崔永元认为，在科学家对转基因食品安全性尚有争议的前提下，作为普通老百姓，又不懂这个事情，最好不要让他们吃或给他们选择的权利，可以吃，可以不吃，但不能剥夺这种选择权。他建议在商场设立转基因食品专柜，剩下的商品保证不含转基因，谁愿意吃谁买。（本文写作时参考了方舟子、崔永元博客及微博相关内容责任编辑/任玉梅）